пцр roche что значит
Пцр roche что значит
Исследование для выявления коронавируса SARS-CoV-2, которое позволяет с помощью метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) определить генетический материал (РНК) вируса в образце биоматериала.
Коронавирусная инфекция, ковид.
COVID-19 PCR test, 2019-nCoV PCR, RNA [polymerase chain reaction, PCR].
Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР).
Аналитическая чувствительность тест-системы – 5*10^2 копий (1*10^5 копий/мл).
Какой биоматериал можно использовать для исследования?
Мазок из ротоглотки и носоглотки.
Как правильно подготовиться к исследованию?
Общая информация об исследовании
Коронавирусы – это РНК-содержащие вирусы, на сегодняшний день известно 40 видов. В конце 2019 года был выявлен новый штамм коронавируса – SARS-CoV-2, который вызывает коронавирусную инфекцию COVID-19.
Коронавирусы названы в честь короноподобных шипов на поверхности вируса. У коронавируса SARS-CoV-2 выделяют два подтипа: S и L. S-подтип – более ранний, был сфокусирован в Ухани, вызывает более тяжелое течение заболевание, а L – поздний штамм, распространился по всему миру.
Вирус передается от человека человеку воздушно-капельным, воздушно-пылевым и контактным путем, через рукопожатия и поверхности предметов, на которых он может существовать определенное время. Инкубационный период – до 14 дней, в среднем симптомы появляются на 5-6-е сутки.
Коронавирус тропен к эпителиальным клеткам легких, желудка и кишечника. Поскольку чаще всего «входными воротами» инфекции служат дыхательные пути, то вирус приводит к развитию респираторных симптомов. У большинства заболевших инфекция протекает в легкой форме, носящей симптомы ОРВИ. В группе риска пожилые люди, курильщики и люди с хроническими заболеваниями. У них коронавирусная инфекция может протекать с развитием тяжелой пневмонии и респираторного дистресс-синдрома. У детей заболевание чаще всего протекает в легкой форме.
Молодые люди и дети могут переносить инфекцию бессимптомно, что способствует распространению COVID-19 среди населения.
К основным симптомам относятся:
Реже заболевание проявляется диареей, тошнотой и рвотой.
Диагностика коронавирусной инфекции проводится при помощи метода ПЦР, который позволяет выявить генетический материал вируса в организме.
Для чего используется исследование?
Когда назначается исследование?
Что означают результаты?
Причины положительного результата:
Причины отрицательного результата:
Все пациенты, прибывшие из стран с высоким уровнем распространения COVID-19 или контактировавшие с прибывшими оттуда, а также пациенты с повышенной температурой тела и/или явными симптомами ОРВИ будут направляться для обследования согласно рекомендациям Роспотребнадзора.
Кто назначает исследование?
Инфекционист, педиатр, врач общей практики, анестезиолог-реаниматолог.
Коронавирус, РНК (SARS-CoV-2, ПЦР) мазок, кач., Roche в Кудрово
Качественное определение РНК бета-коронавируса SARS-CoV-2 (возбудителя COVID-19) в соскобе клеток ротоглотки методом ПЦР в режиме реального времени.
Приём и исследование биоматериала
Когда нужно сдавать анализ Коронавирус, РНК (SARS-CoV-2, ПЦР) мазок, кач., Roche?
Диагностика коронавирусной инфекции SARS-COV-2 (COVID-19).
Подробное описание исследования
Для проведения исследования используется сверхчувствительная тест-система производства Roche Molecular Systems, Inc. с аналитической чувствительностью 1х10*1 копий РНК коронавируса в миллилитре биологического материала.
SARS-CoV-2 – это РНК-содержащий бета-коронавирус семейства Coronaviridae, который был открыт в конце 2019 года в Китае. Он способен вызвать у человека острое респираторное инфекционное заболевание COVID-19 (COronaVIrus Disease 2019).
Как правило, инфекционный процесс начинается после проникновения вируса в эпителиальные клетки, выстилающие слизистые оболочки верхних дыхательные путей. В зараженных клетках начинается активная репликация вируса – многократное увеличение числа копий вирусных частиц, или вирионов. Новые вирионы выходят из пораженных клеток и заражают все большее количество здоровых клеток уже не только верхних, но и нижних дыхательных путей. В том числе возможно поражение альвеолярных клеток II типа, что определяет развитие пневмонии.
Вирионы SARS-CoV-2 способны проникать в клетки, на поверхности которых присутствует мембранный белок ангиотензинпревращающий фермент II типа (АПФ2, ACE2). Для вируса АПФ2 служит рецептором, с которым связываются гликопротеиновые «шипы» (в состав которых входит Spike- или S-белок), расположенные на поверхности вирусных частиц. Рецепторы АПФ2 представлены на оболочках клеток органов дыхательной и центральной нервной системы, пищевода, подвздошной кишки, почек, мочевого пузыря, сердца. Новый коронавирус способен поражать клетки головного мозга, с чем связывают полную потерю обоняния на ранней стадии заболевания у некоторых пациентов. По некоторым данным вирус также способен проникать в клетки, на мембране которых представлен белок CD147.
Применение полностью автоматизированной системы cobas 6800 позволяет обнаружить генетический материал – коронавирусную РНК – в короткий срок и не позднее 12 часов представить пациенту результат.
Инфекция SARS-CoV-2 может протекать бессимптомно (до 50% случаев), в легкой и в тяжелой формах. В последнем случае возможно развитие острого респираторного синдрома (Severe Acute Respiratory Syndrome, SARS) на фоне двусторонней пневмонии. Инкубационный период длится 2–14 суток (чаще 5–7 суток). После чего у пациента появляются симптомы острой респираторной вирусной инфекции (ОРВИ).
Все инфицированные коронавирусом, даже те, у кого инфекция протекает в стёртой или в бессимптомной форме, являются источником инфекции уже в первые дни после заражения. Так как они выделяют вирусные частицы в окружающую среду с выдыхаемым воздухом, при разговоре, кашле, чихании. Вирусовыделение в среднем продолжается около 20 суток, однако в отдельных случаях может продолжаться дольше месяца. Инфицированные могут выделять вирус с мочой и калом даже после полного исчезновения симптомов респираторного заболевания.
Важно помнить, что патогенез новой коронавирусной инфекции пока недостаточно изучен. И даже у пациентов, у которых инфекция протекает в лёгкой или стёртой формах возможно внезапное развитие острого респираторного синдрома на фоне пневмонии.
Особенности и преимущества методики
Тест-система: «Качественный тест для использования в системах cobas® 6800/8800» производства компании Roche Molecular Systems, Inc.
Формат представления результатов, единицы измерения.
Автоматизированная система для ПЦР-диагностики cobas 6800.
Использованная литература
Подготовка к исследованию
ПЦР-анализ нужно сдавать через 3 часа после еды. Также в течение 3 часов нельзя чистить зубы, полоскать рот и пить, курить, жевать жвачку.
Противопоказания и ограничения
Абсолютных противопоказаний нет
Интерпретация результата
«РНК обнаружена»: в анализируемом образце биологического материала найден фрагмент РНК, специфичный для коронавируса SARS-CoV-2.
«РНК не обнаружена»: в анализируемом образце биологического материала не найдено фрагментов РНК, специфичных для коронавируса SARS-CoV-2, или концентрация возбудителя в образце ниже границы чувствительности теста.
Референсные значения
Аналитические показатели
Аналитическая чувствительность – до 1х10*1 копий/мл.
Коронавирус, РНК (SARS-CoV-2, ПЦР) мазок, кач., Roche в Москве
Качественное определение РНК бета-коронавируса SARS-CoV-2 (возбудителя COVID-19) в соскобе клеток ротоглотки методом ПЦР в режиме реального времени.
Приём и исследование биоматериала
Когда нужно сдавать анализ Коронавирус, РНК (SARS-CoV-2, ПЦР) мазок, кач., Roche?
Диагностика коронавирусной инфекции SARS-COV-2 (COVID-19).
Подробное описание исследования
Для проведения исследования используется сверхчувствительная тест-система производства Roche Molecular Systems, Inc. с аналитической чувствительностью 1х10*1 копий РНК коронавируса в миллилитре биологического материала.
SARS-CoV-2 – это РНК-содержащий бета-коронавирус семейства Coronaviridae, который был открыт в конце 2019 года в Китае. Он способен вызвать у человека острое респираторное инфекционное заболевание COVID-19 (COronaVIrus Disease 2019).
Как правило, инфекционный процесс начинается после проникновения вируса в эпителиальные клетки, выстилающие слизистые оболочки верхних дыхательные путей. В зараженных клетках начинается активная репликация вируса – многократное увеличение числа копий вирусных частиц, или вирионов. Новые вирионы выходят из пораженных клеток и заражают все большее количество здоровых клеток уже не только верхних, но и нижних дыхательных путей. В том числе возможно поражение альвеолярных клеток II типа, что определяет развитие пневмонии.
Вирионы SARS-CoV-2 способны проникать в клетки, на поверхности которых присутствует мембранный белок ангиотензинпревращающий фермент II типа (АПФ2, ACE2). Для вируса АПФ2 служит рецептором, с которым связываются гликопротеиновые «шипы» (в состав которых входит Spike- или S-белок), расположенные на поверхности вирусных частиц. Рецепторы АПФ2 представлены на оболочках клеток органов дыхательной и центральной нервной системы, пищевода, подвздошной кишки, почек, мочевого пузыря, сердца. Новый коронавирус способен поражать клетки головного мозга, с чем связывают полную потерю обоняния на ранней стадии заболевания у некоторых пациентов. По некоторым данным вирус также способен проникать в клетки, на мембране которых представлен белок CD147.
Применение полностью автоматизированной системы cobas 6800 позволяет обнаружить генетический материал – коронавирусную РНК – в короткий срок и не позднее 12 часов представить пациенту результат.
Инфекция SARS-CoV-2 может протекать бессимптомно (до 50% случаев), в легкой и в тяжелой формах. В последнем случае возможно развитие острого респираторного синдрома (Severe Acute Respiratory Syndrome, SARS) на фоне двусторонней пневмонии. Инкубационный период длится 2–14 суток (чаще 5–7 суток). После чего у пациента появляются симптомы острой респираторной вирусной инфекции (ОРВИ).
Все инфицированные коронавирусом, даже те, у кого инфекция протекает в стёртой или в бессимптомной форме, являются источником инфекции уже в первые дни после заражения. Так как они выделяют вирусные частицы в окружающую среду с выдыхаемым воздухом, при разговоре, кашле, чихании. Вирусовыделение в среднем продолжается около 20 суток, однако в отдельных случаях может продолжаться дольше месяца. Инфицированные могут выделять вирус с мочой и калом даже после полного исчезновения симптомов респираторного заболевания.
Важно помнить, что патогенез новой коронавирусной инфекции пока недостаточно изучен. И даже у пациентов, у которых инфекция протекает в лёгкой или стёртой формах возможно внезапное развитие острого респираторного синдрома на фоне пневмонии.
Особенности и преимущества методики
Тест-система: «Качественный тест для использования в системах cobas® 6800/8800» производства компании Roche Molecular Systems, Inc.
Формат представления результатов, единицы измерения.
Автоматизированная система для ПЦР-диагностики cobas 6800.
Использованная литература
Подготовка к исследованию
ПЦР-анализ нужно сдавать через 3 часа после еды. Также в течение 3 часов нельзя чистить зубы, полоскать рот и пить, курить, жевать жвачку.
Противопоказания и ограничения
Абсолютных противопоказаний нет
Интерпретация результата
«РНК обнаружена»: в анализируемом образце биологического материала найден фрагмент РНК, специфичный для коронавируса SARS-CoV-2.
«РНК не обнаружена»: в анализируемом образце биологического материала не найдено фрагментов РНК, специфичных для коронавируса SARS-CoV-2, или концентрация возбудителя в образце ниже границы чувствительности теста.
Референсные значения
Аналитические показатели
Аналитическая чувствительность – до 1х10*1 копий/мл.
Пцр roche что значит
Своевременная и качественная диагностика – один из ключевых факторов в борьбе с COVID-19: диагностика необходима и для оценки общей эпидемиологической ситуации, и в случае принятия решения по каждому конкретному пациенту. По данным сайта стопкоронавирус.рф на 12.05.2020 г. проведено более более 5,8 миллионов тестов на наличие нового коронавируса. Цифра огромная. Однако, насколько достоверны результаты? Появляется все больше историй о типичной картине COVID-19 при отрицательных анализах. Почему так может происходить?
Сначала поговорим о ПЦР-тестах, которые специфически выявляют РНК вируса в пробах.
Взятие пробы для ПЦР
Показано, что для выявления нового коронавируса подходят смывы из носоглотки – из ротоглотки вероятность ложноотрицательного анализа немного выше [ 1 ]. Один из важнейших аспектов – время взятия материала. Проведенные исследования показывают, что при взятии материала у больного в первый день проявления симптомов COVID-19 положительный диагноз поставят с вероятностью 94 %, а вот к 10-му дню это будет всего лишь 67 %! [ 2 ].
Существует четкая закономерность: чем позже от возникновения симптомов взят материал, тем меньше шансов обнаружить в нем вирусную РНК.
Есть и хорошие новости: в течение первой недели от возникновения симптомов носоглоточные смывы имеют порядок от 100 000 до 1 000 000 копий вирусной РНК в 1 мл, что делает их легко обнаруживаемыми даже не самыми чувствительными системами. Исследования также показали, что вирусная нагрузка в верхних дыхательных путях может быть одинаковой у людей с проявленной симптоматикой и при бессимптомном течении болезни [ 3 ].
Транспортировка и хранение проб для ПЦР
Точность разных ПЦР-тест-систем
После попадания образцов в лабораторию правильность диагноза будет зависеть во многом от тест-системы, которую там используют. На сегодняшний день помимо двух тест-систем, разработанных еще в январе в ГНЦВБ «Вектор», зарегистрировано 8 ПЦР-тест систем [ 5 ]:
Из них системы «Вектора» и «Вектор-Беста» (последняя через сеть лабораторий «Инвитро» [ 6 ]) используются для исследования проб от государственных медицинских организаций. Здесь хочется отметить, что система «Вектора» не содержит в своем составе внутреннего контрольного образца, который должен добавляться во все пробы для контроля правильности выделения РНК и реакции обратной транскрипции [ 7 ]. Отсутствие такого контроля может также потенциально приводить к некоторому количеству ложноотрицательных результатов. Хорошая новость заключается в том, что остальные зарегистрированные тест-системы имеют в своем составе внутренний контроль, а также, по-видимому, обладают более высокой чувствительностью, т.е. дают меньше ложноотрицательных результатов.
Таким образом, в городах, где представлены сетевые лаборатории, есть возможность сдать анализ частным образом и надеяться на точность проведения процедуры. В первые дни появления симптоматики точность будет выше.
Экспресс-системы
Что касается экспресс-тест-систем, то есть опасения, что созданные в сжатые сроки «уникальные» тесты по своему качеству будут уступать системам, основанным на обычной ПЦР. Насколько надежны эти системы покажет время, однако уже сейчас количество ложноотрицательных результатов ПЦР в совокупности с длительностью ожидания результата привело к тому, что в клиниках страны диагноз стали ставить не на основе ПЦР-анализа, а на основе результатов компьютерной томографии (КТ).
КТ
Преимущество КТ-диагностики при наличии клинической картины – это скорость постановки диагноза и более высокая чувствительность по сравнению с реальностью ПЦР-диагностики: 97,2 % против 83,3 % согласно данным небольшого китайского исследования [ 12 ]. Начиная с 4-5 дня заболевания можно различить так называемый симптом «матового стекла», на стадии прогрессирования такие участки консолидируются, возникает симптом «булыжной мостовой», «обратного ореола», а в пиковая стадии – «белое легкое» [ 13 ]. Возникает закономерный вопрос: отличается ли картина пневмонии, вызванной именно новым коронавирусом, от заболеваний другой вирусной природы. Ответ – нет. Вирусные пневмонии, будь то аденовирус, грипп или другие респираторные вирусы, выглядят на КТ одинаково.
Однако в условиях пандемии, когда подавляющее большинство вирусных пневмоний имеют коронавирусную природу, использование КТ для диагностики становится более чем оправданным. В последней версии методических рекомендаций Минздрава по профилактике, диагностике и лечению COVID-19 указано, что «наличие клинических проявлений в сочетании с характерными изменениями в легких по данным КТ или обзорной рентгенографии органов грудной клетки вне зависимости от результатов однократного лабораторного исследования на наличие РНК SARS-CoV-2 и эпидемиологического анамнеза» является клинически подтвержденным случаем COVID-19 [ 14 ]. Отметим также, что объем поражения легких при РГ и КТ может не иметь прямой корреляции с клинической тяжестью заболевания.
ИФА (иммуноферментный анализ)
ПЦР-тест-системы, как и КТ-диагностика выявляет COVID-19 в острой фазе. Однако весьма актуальна и информация об уже переболевших, на основании которой можно судить об охвате населения заболеванием, а также о числе бессимптомных случаев. Ответы на эти, а также на многие другие вопросы, может дать тест-система на антитела. На сегодняшний день разработкой таких тест-систем помимо «Вектора» занимаются такие организации как «Вектор-Бест», «НПО «Диагностические системы», ФНКЦ ФХМ ФМБА России, «МБС-Технологии», а также «Генетико» и Институт молекулярной биологии РАН [5]. К сожалению, тест-системы на антитела требуют намного больших усилий и времени на разработку, чем ПЦР-системы, а их чувствительность и специфичность оставляет желать лучшего. Так, проведенное в США исследование доступных система на антитела показало, что лишь 3 из 14 систем дают надежные результаты (т.е. не более 1% ложноположительных результатов), но при этом их чувствительность не превышает 90% относительно положительных контрольных образцов [ 15 ]. Какова будет чувствительность и специфичность разрабатываемых российских систем – пока неизвестно.
Итак, самое разумное, что вы можете сказать клиентам:
Регистрируйся на нашем сайте и получай доступ ко в сем материалам о COVID-19 в специальном разделе.
Отвечаем на вопросы в прямых эфирах Вконтакте: https://vk.com/pharmznanie
Обсудить последние новости со всеми коллегами России вы можете в чатах:
ПЦР-диагностика
Полимеразно-цепная реакция (ПЦР) – это одно из самых ярких достижений в сфере молекулярной биологии. Метод получил широчайшее распространение в разных областях науки. Благодаря очень высокой специфичности и чувствительности, метод ПЦР применяется в медицине, биологии, ветеринарии, криминалистике, санитарной службе и других отраслях деятельности человека.
Для анализа методом ПЦР можно использовать любые биологические материалы, которые содержат нуклеиновые кислоты (молекулу ДНК или РНК).
Принцип ПЦР- исследования
Кому мы обязаны появлением метода ПЦР?
Со слов американского биохимика Керри Мюллиса (Kary Mullis), идея идентифицировать живые организмы по короткому участку их генетического кода (ДНК) пришла ему в голову в 1983 году, по пути с работы домой. А в основе этой идеи, лежала работа другого американского биохимика, Артура Корнберга (Arthur Kornberg), которая в свое время не нашла отклика у научного сообщества.
Керри допустил возможность того, чтобы взять молекулу ДНК какого-либо организма, с помощью высокой температуры «распустить» ее спираль на две нити, специфическими маркерами-праймеры пометить уникальные для этого микроорганизма участки ДНК и затем, применив фермент ДНК-полимеразу, создать из двух нитей две новые молекулы ДНК. Но уже содержащие в себе меченные праймеры. И потом останется просто искать эти участки в диагностическом материале.
В итоге, корпорация CETUS, в которой работал Мюлис, выделила ему команду ученых. И в 1985 году, в издании Американского общества генетики человека, появилась публикация с теоретическим обоснованием ПЦР, как метода идентификации генетического материала живых организмов.
Как это все происходит в лаборатории
Выделение ДНК
Элонгация
Или синтез. После завершения процесса отжига, в реакционной смеси создают условия для активности полимеразы. Фермент, ориентируясь на молекулы праймеров (а не исходных нуклеиновых кислот), начинает синтез новых ниток ДНК/РНК. Которые становятся копиями исходных, искомых молекул нуклеиновых кислот.
Такой температурный цикл проводится 30 и более раз. В результате, даже при изначально небольшом количестве искомого генетического материала, в реакционной смеси накапливается значительное число «помеченных» праймерами нуклеиновых кислот (растет экспоненциально, с удвоением при каждом цикле).Обнаружить большие количества ДНК/РНК намного проще, за счет чего реализуется еще одно преимущество ПЦР – высочайшая чувствительность.
Детекция
Оценка результатов ПЦР проводится несколькими путями:
Преимущества методики ПЦР
Всего разработано более 10 разных методик амплификации, применяемых лабораториями в зависимости от исходных условий и поставленных целей.
Общим для них есть высокая чувствительность (для положительного результата достаточно 40 (!) или менее искомых копий ДНК в 1 мл образца, то есть вероятность ложноотрицательного ответа ничтожно мала. И очень высокая специфичность: вероятность ложноположительного ответа составляет менее 1%.
Но точность результатов сильно зависит от качества сбора диагностического материала, тщательного соблюдения всех технических требований к каждому этапу и качеству оборудования, расходных материалов (буфера, праймеров, раствора для отмывки и т.д.).
Области применения в медицине
В дерматовенерологии ПЦР используют для выявления венерических заболеваний: микоплазменной, хламидийной инфекций, сифилиса, генитального герпеса и др.
Инфекционисты активно используют ПЦР для диагностики туберкулеза, ВИЧ, вирусных гепатитов, герпеса, мононуклеоза, вируса Эпштейн-Барр и др.). А с помощью ПЦР в реальном времени, оценивая вирусную нагрузку, врачи могут составить мнение о динамике заболевания, отклике на лечение, что особенно актуально для пациентов с ВИЧ, принимающих терапию.
Также благодаря ПЦР врачи могут в течение нескольких дней с уверенностью идентифицировать коклюш и паракоклюш, выявить возбудителей эпидемии ОРВИ. Уточняются типы вируса гриппа, циркулирующие на определенной территории, на основании чего появляется возможность разработать эффективную вакцину для каждого сезона гриппа.
В течение суток или быстрее можно установить вид возбудителя кишечной инфекции, а значит – назначить адекватное лечение и обнаружить вероятный источник заражения.
Летом, ПЦР актуальна для диагностики заболеваний, передаваемых иксодовыми клещами: боррелиоза (болезни Лайма), клещевых энцефалитов.
Метод позволяет работать с любым биологическим материалом. Гемотрансмиссивные инфекции (сифилис, ВИЧ, гепатиты, боррелиоз) исследуются по пробе венозной крови или спинномозговой жидкости. Кожные болезни (герпес, грибки) – по соскобу с пораженного участка. Венерические и урологические – по образцу мочи, спермы, влагалищного отделяемого.
Так что в медицине, ПЦР применяется везде, где нужна высокая точность и быстрота получения результатов.
Лабораторные исследования, выполняющиеся методом ПЦР: